Estos fondos forman una de las series más significativas del Museo juntamente con las de escultura galaicorromana y el propio edificio. Ofrece una síntesis incomparable de la arqueología medieval de Galicia, ya que responde a un programa específico de trabajo en el que se produjeron numerosas intervenciones en los últimos años, y de este modo, podemos ver los restos de un pequeño asentamiento con raíces romanas como Ouvigo -con sus estucos pintados, laudas funerarias y diversos materiales, entre ellos una píxide de bronce con esmalte-, al lado del recuperado en el casco urbano de Allariz- con una lauda funeraria en la que se reconocen fórmulas de filiación ya en gallego- o los materiales que formaban el ajuar cotidiano de un castillo, como el de Araúxo, o de un palacio de comienzos del XVI, como el castillo de Castro Caldelas, así como los testimonios de un pequeño centro monástico como San Pedro de Rocas al lado de los restos de la necrópolis ourensana de la Magdalena.
Y entre ellas otras piezas singulares de diversos orígenes, testimonios de formas constructivas y decorativas, que tienen en común testificar la existencia de numerosos monumentos de la época prerrománica, vinculables con el que se definió como arte asturiano o mozárabe, y en algunos casos originarios de lo que se llamó Ribeira Sacra. Así los relieves votivos y restos constructivos de Amiadoso- con raíces en el mundo tardorromano-, las ventanas de Santa Catalina de Reza Vella o de San Xoán de Camba, de donde proceden también los relieves que originaron muchas discusiones científicas, las ménsulas de San Xoán de Cachón, la tampa de Viñao con su inscripción, Leokris me fecit, o la del abad Argivito, de estola y datada sub Sancio Rex.
También toda la serie de objetos litúrgicos e imágenes de la época, entre las que destaca la Virgen de Compostilla del Bierzo, una serie de pequeñas cruces esmaltadas y los capiteles, ya góticos, de la Claustra Nova de la Catedral de Ourense.